L'inconvénient de l'encre à colorant est qu'elle n'est pas étanche, et comme les molécules de colorant se décomposent rapidement sous le rayonnement ultraviolet, elle s'estompera évidemment dans un délai d'un mois après avoir été utilisée à l'extérieur sous un rayonnement ultraviolet.
L'inconvénient est que la plupart des encres pigmentées provoquent des résidus de couleur sur la surface. Par conséquent, même l'impression sur du papier glacé et d'autres papiers à surface plane ne peut pas imprimer d'images brillantes, c'est pourquoi les choses imprimées avec des encres pigmentées n'ont généralement pas de lustre. De plus, le coût de fabrication de l'encre pigmentée est plus élevé, de sorte que le prix de vente est également supérieur à celui de l'encre à colorant et la différence de prix est plus de deux à quatre fois supérieure.
